De acordo com o artigo 21.º do Pacto, os Chefes de Estado e de Governo da CIRGL estabeleceram o Fundo Especial para a Reconstrução e Desenvolvimento, em conformidade com o Protocolo sobre a Zona Específica de Reconstrução e Desenvolvimento. O financiamento do fundo é assegurado por contribuições obrigatórias dos Estados-Membros, bem como por contribuições voluntárias dos Parceiros de Cooperação e Desenvolvimento.

Os objectivos do SFRD são apoiar a implementação dos Protocolos e Programas de Acção da CIRGL seleccionados nas áreas prioritárias da paz e segurança, democracia e boa governação, desenvolvimento económico e integração regional, e questões humanitárias, sociais e ambientais.

A governação e a gestão do Fundo estão sob a responsabilidade de uma estrutura designada pelo Comité Interministerial Regional, designado por Comité de Governação do SFRD, em regime de rotatividade entre os Estados-Membros por um período de 2 anos. O Comité de Governação é composto por quatro representantes dos Estados-membros; dois representantes dos Parceiros de Cooperação e Desenvolvimento; e um Secretário Executivo Adjunto.

Os fundos iniciais foram alojados e geridos pelo Banco Africano de Desenvolvimento (BAD). A assinatura do instrumento fiduciário para a administração e gestão do SFRD ocorreu em 10 de setembro de 2008 pelo então Secretário Executivo e pelo Representante Residente do BAD em Kigali, tendo a conta bancária sido aberta em 6 de novembro de 2008 no BAD, em Nova Iorque, Estados Unidos.