Conformément à l'article 21 du Pacte, les chefs d'État et de gouvernement de la CIRGL ont créé le Fonds spécial pour la reconstruction et le développement, conformément au Protocole sur la zone spécifique de reconstruction et de développement. Le financement du fonds est assuré par les contributions obligatoires des États membres et par les contributions volontaires des partenaires de coopération et de développement.

Le Fonds spécial pour la reconstruction et le développement (FSRD) a pour objectif de soutenir la mise en œuvre des protocoles et programmes d'action de la CIRGL sélectionnés dans les domaines prioritaires suivants : paix et sécurité, démocratie et bonne gouvernance, développement économique et intégration régionale, et questions humanitaires, sociales et environnementales.

La gouvernance et la gestion du Fonds sont assurées par une structure désignée par le Comité interministériel régional, le Comité de gouvernance du FSRD, qui siège à tour de rôle parmi les États membres pour une période de deux ans. Ce comité est composé de quatre représentants des États membres, de deux représentants des partenaires de coopération et de développement et d'un secrétaire exécutif adjoint.

Le fonds initial était hébergé et géré par la Banque africaine de développement (BAD). La signature de l'instrument de fiducie pour l'administration et la gestion du SFRD a eu lieu le 10 septembre 2008 par le Secrétaire exécutif de l'époque et le Représentant résident de la BAD résidant à Kigali et le compte bancaire a été ouvert le 6 novembre 2008 auprès de la BAD, à New York, aux États-Unis.